Системы, предназначенные для автоматизации документооборота, должны позволять обмениваться информацией не только друг с другом. Важной частью документооборота является обмен документами не только внутри одного подразделения, но и между всеми подразделениями, учавствующими в документообороте. Достигаться это может различными путями. Очень хорошо это видно на примере обмена данными в системе «Кодекс: Документооборот». Хранилище текстово-графической информации представляет из себя архив документов электронного документооборота. В него попадают все документы, введенные через автоматизированные рабочие места документооборота (в данном случае - это модули «Кодекс: Документооборот»). Далее электронные архивы головной структуры и удаленного подразделения автоматически производят обмен документами, используя для этого серверные утилиты, сервисы и хранимые процедуры. Проще говоря, базы производят обмен друг с другом уже без участия пользователей, по заранее настроенной схеме. Удаленных подразделений может быть более одного. При этом у них есть возможность совершать обмен документами и между собой, а электронный архив головного подразделения будет синхронизировать обмен данными между ними.

Однако, не надо забывать, что в документообороте может возникнуть передавать данные на прямую из одной подсистемы в другую. Такая необходимость может возникнуть при направленном обмене между подсистемами документооборота, когда требуется игнорировать попадание документа в электронный архив до момента завершения работы над ним. Возможны и другие причны, по которым данный вариант обмена документами предпочтительней.  Для этих целей существует дополнительный механизм, именуемый «Агент обмена».

«Агент обмена» позволяет производить обмен документами (получать и отправлять документы) не только в рамках локальных сетей, но и через почтовые отправления. «Агент обмена» может использоваться как сервис. Для обмена документами может использоваться дополнительная "транзитная" база, которая обрабатывается данным сервисом. При необходимости, «Агент обмена» самостоятельно проверяет почтовые ящики, используемые для взаимодействия систем документооборота, и, отфильтровывая СПАМ, самостоятельно обрабатывает полученные документы или отправляет их в удаленное подразделение, учавствующее в делопроизводстве.

При организации взаимодействия систем документооборота и делопроизводства крайне желательно использовать ЭЦП (электронно-цифровую подпись), т.к. это позволяет защитить документы от подмены и несанкционированного изменения. Документооборот организации или предприятия может представлять собой секретную или частично секретную информацию, которая может заинтересовать третьи стороны. Поэтому, при организации электронного докуменнтооборота нужно помнить, что вся необходимо задействовать защищенные от внешнего доступа сети, криптографию и другие способы защиты.